矩形波紋補償器主要用來吸收矩形管道所產生的軸向位移和橫向位移，但是并不吸收角向位移。它的選型與應用方法與圓形波紋補償器相同，整個使用過程中需要避免波紋管承受扭力。
應用于軸向位移時：
通過固定支架將管道分割成若干個直管段，兩個固定支架之間設置一個矩形波紋補償器。在“Z”形管線不建議使用，在管線的兩端設置了主固定支架，用于承受內壓推力，由位移所引起的彈性反力和導向支架的摩擦力。由于存在“Z”形彎管，載荷須要經過斜管臂來傳遞，因此，在管道上產生了一個力矩，如果管道尺寸很小，兩平行管段的間距較大，由于內壓和位移所引起的載荷較大，這種設置方法會使管道和導向支架發生畸變或產生過高的應力。需要注意的是導向支架應靠近斜管臂兩端設置，以便于減小作用在管道系統上的彎矩。
橫向位移以及組合位移作用：
用于單式軸向型吸收軸向位移的同時吸收少量橫向位移，選用復式自由型當中間管段較重時，補償器應設置鉸鏈等承重結構并將中間管道的重量傳遞給兩側的支架。